摘要：一项近日发表在Nature的工作介绍了两种互补的技术，irCLIP-RNP和Re-CLIP，来研究多种蛋白组合与RNA的互作，并解析EGF信号下RNA结合蛋白如何动态互作来帮助RNA正确剪切[1]–[3]。

一项近日发表在Nature的工作介绍了两种互补的技术，irCLIP-RNP和Re-CLIP，来研究多种蛋白组合与RNA的互作，并解析EGF信号下RNA结合蛋白如何动态互作来帮助RNA正确剪切[1]–[3]。

irCLIP-RNP的主要原理是通过降低RNA酶处理的强度来解析RNA依赖的“蛋白组合-RNA复合物”组装（结合质谱）[2], [3]。

Re-CLIP的主要原理是通过不同蛋白重复检测其结合的RNA来定位“蛋白组合-RNA复合物”中的RNA（结合RNA测序）[3]。

降低RNA酶处理强度来分析RNA依赖的复合物组装[3]。

irCLIP-RNP流程[3]。

Re-CLIP流程[3]。

EGF信号驱动的蛋白组合-RNA互作帮助正确RNA剪切[3]。

该项工作的通讯作者是来自斯坦福大学的Paul A. Khavari；2025年3月26日在线发表在Nature[3]。

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类似的策略或许也可以用来解析转录调节因子的组合和DNA的互作。

参考文献：

[1] M. Hafner et al., “CLIP and complementary methods,” Nat. Rev. Methods Prim., vol. 1, no. 1, 2021, doi: 10.1038/s43586-021-00018-1.

[2] B. J. Zarnegar, R. A. Flynn, Y. Shen, B. T. Do, H. Y. Chang, and P. A. Khavari, “irCLIP platform for efficient characterization of protein–RNA interactions,” Nat. Methods, vol. 13, no. 6, pp. 489–492, 2016, doi: 10.1038/nmeth.3840.

[3] L. Ducoli et al., “irCLIP-RNP and Re-CLIP reveal patterns of dynamic protein assemblies on RNA,” Nature, no. July 2023, 2025, doi: 10.1038/s41586-025-08787-5.

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来源：老刘讲科学