摘要:加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA):又叫权重基因共表达网络分析,其根本思想是根据基因表达模式的不同,挖掘出相似表达模式的基因,定义为模块(module)的一种算法。具有相
文题释义:
自噬:细胞内保守的自我降解机制。细胞生成自噬体包裹受损物质,与溶酶体融合降解,借此维持内环境稳态、应对应激,自噬对细胞生长、疾病发生等意义重大。
加权基因表达网络分析(Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA):又叫权重基因共表达网络分析,其根本思想是根据基因表达模式的不同,挖掘出相似表达模式的基因,定义为模块(module)的一种算法。具有相似表达模式的基因很可能是紧密共调控的,功能紧密相关的或同一条信号通路或过程的成员,有其特定的生理意义。
背景:E1A结合蛋白300(E1A Binding Protein 300,EP300)作为一种多功能组蛋白乙酰转移酶,广泛参与基因表达调控、细胞生长及分化等生物学过程,并与多种炎症及免疫相关疾病相关,但它在过敏性鼻炎发病中的具体功能尚不明确。
目的:探究过敏性鼻炎相关基因表达变化,分析其与程序性细胞死亡的关联,寻找潜在生物标志物和治疗靶点。
方法:①从GSE51392、GSE43523和GSE206149数据集中收集过敏性鼻炎患者和对照组的基因表达数据,筛选差异表达基因并进行WGCNA分析。②于2022年3月至2024年5月从新疆医科大学第五附属医院收集10例进行翼管神经切断术治疗的过敏性鼻炎患者和10例健康对照者,采集患者术前术后血液和鼻腔黏膜组织样本。③构建大鼠过敏性鼻炎模型并敲降EP300,并将大鼠分为对照组、模型组、模型+
shEP300-NC组、模型+shEP300组。通过ELISA、苏木精-伊红染色、RT-qPCR和Western blot技术分别检测血清炎症因子水平、鼻黏膜组织病理变化及相关基因和蛋白表达。
结果与结论:①过敏性鼻炎和对照之间鉴定出43个交集基因;WGCNA发现Green模块与过敏性鼻炎相关性强,通过与程序性细胞死亡相关基因和共同差异表达基因进行交集分析得到关键基因EP300。②与术前相比,过敏性鼻炎患者术后血清白细胞介素4、白细胞介素5、白细胞介素13水平及鼻黏膜组织EP300、LC3B、Beclin1、cleaved-Caspase的表达显著降低,鼻黏膜组织p62、Bcl2的表达显著升高。③与对照组比较,模型组大鼠血清白细胞介素4、白细胞介素5、白细胞介素13水平及鼻黏膜组织EP300、LC3B、Beclin1、cleaved-Caspase的表达显著升高,鼻黏膜组织p62、Bcl2的表达显著降低;与模型组比较,模型+shEP300组大鼠上述指标均呈现相反变化。④结论:EP300可通过调控炎症、自噬与凋亡参与过敏性鼻炎的发生发展过程。
https://orcid.org/0009-0009-3336-4197(贾金文)
中国组织工程研究杂志出版内容重点:干细胞;骨髓干细胞;造血干细胞;脂肪干细胞;肿瘤干细胞;胚胎干细胞;脐带脐血干细胞;干细胞诱导;干细胞分化;组织工程
关键词: 过敏性鼻炎, 自噬, 凋亡, WGCNA, EP300
来源:中国组织工程研究杂志