Nat Methods | Ruben Dries/袁国丞团队开发新一代空间组学分析平台——Giotto Suite

摘要：空间组学技术为研究中提供了同时从组织空间结构和细胞分子特征两个维度解析各种生命过程的机会。然而，近年来快速涌现的多种空间组学技术，在空间尺度、特征维度、大数据兼容和多模态整合等方面，对数据分析平台提出了更高要求。

空间组学技术为研究中提供了同时从组织空间结构和细胞分子特征两个维度解析各种生命过程的机会。然而，近年来快速涌现的多种空间组学技术，在空间尺度、特征维度、大数据兼容和多模态整合等方面，对数据分析平台提出了更高要求。

早在2021年，西奈山伊坎医学院袁国丞教授与波士顿大学Ruben Dries教授团队开发了Giotto，提供了端到端的空间组学分析框架与可视化工具。2025年10月1日，两位教授团队在Nature Methods发表研究论文“Giotto Suite: a multiscale and technology-agnostic spatial multiomics analysis ecosystem”，推出了新一代空间组学分析平台——Giotto Suite。

Giotto Suite基于创新的数据存储框架与模块化架构，构建了一个多尺度、可扩展、多技术兼容的空间多组学分析生态系统。作者在文章中展示了该平台的多项创新:

多尺度分析：可从亚细胞、单细胞、多细胞至空间结构域等多级空间结构进行全面解析；

跨技术整合：支持临近切片数据的对齐与不同组学技术数据的整合分析；

多模态融合：实现转录组、蛋白质组以及表观组等多组学数据的整合与交叉验证；

大规模兼容性：支持数百万细胞、亿级转录本的大样本数据处理；

广泛互操作性：与多种主流分析平台和数据格式的无缝对接。

Giotto Suite是一个综合而开放的分析生态系统，为空间多组学研究提供了全方位解决方案，将成为探索组织微环境与多模态整合的有力工具。与此同时，Giotto Suite正在以开放的姿态拥抱全球科研社区。作者团队诚邀学者们共同参与这一平台的持续发展。无论是合作开发、提出反馈，还是拓展分析方法，您的贡献都将成为推动Giotto Suite不断进步的强大引擎。作者们相信，依托集体智慧与协作力量，Giotto Suite将不断焕发活力，持续引领空间多组学数据分析的新方向。