摘要：要查看通过 getGEO 函数从 GEO 数据库下载的数据，你需要了解该函数返回的对象结构，并使用相应的函数来探索其内容。getGEO 函数根据你下载的数据类型（如 GSE、GDS、GSM 或 GPL）会返回不同的对象。
要查看通过 getGEO 函数从 GEO 数据库下载的数据，你需要了解该函数返回的对象结构，并使用相应的函数来探索其内容。getGEO 函数根据你下载的数据类型（如 GSE、GDS、GSM 或 GPL）会返回不同的对象。
当你使用 getGEO("GSE号码", GSEMatrix=TRUE) 下载一个GSE（系列）数据时，它通常返回一个 ExpressionSet 对象（或者一个包含多个ExpressionSet的列表，如果该GSE包含多个平台）。
library(GEOquery)library(Biobase)# 假设你已经下载了数据gse查看表达矩阵（核心数据）：
# 获取表达量矩阵exprs_data查看样本信息（表型数据）：
# 获取样本信息（临床信息、分组信息等）pheno_info查看基因/探针注释信息：
# 获取基因或探针的注释信息（比如对应的基因符号、Entrez ID等）feature_info查看实验信息：
# 获取实验的整体信息，如标题、摘要、PubMed ID等exp_info查看注释包信息：
# 查看这个ExpressionSet使用的注释包（如果是芯片数据）annotation(gse)对于直接下载的GDS、GSM或GPL数据（返回对象通常是特定类，如GDS、GSM、GPL），可以使用 Meta 和 Table 函数。
# 假设 gds 是一个GDS对象gds_data如果一个GSE accession对应多个平台（例如GSE包含不同芯片的数据），getGEO(..., GSEMatrix=TRUE) 会返回一个列表，每个元素对应一个平台的ExpressionSet。
gse_list 数据类型：首先明确你下载的是哪种类型的数据（GSE, GDS, GSM, GPL），因为查看方法有所不同。ExpressionSet 对象：对于最常见的GSE系列矩阵数据，返回的 ExpressionSet 是一个标准化的Bioconductor对象，使用 exprs, pData, fData 等函数访问其不同部分是最规范的方式。元数据 (Metadata)：Meta 函数对于查看数据集的描述性信息非常有用，例如样本来源、处理流程、联系信息等。平台注释：如果你的表达矩阵是探针水平的，通常需要对应的GPL平台信息来将探针ID映射到基因符号或其他标识符。有时在下载GSE时通过设置 AnnotGPL=TRUE 和 getGPL=TRUE（这是默认行为），这些信息可能会包含在返回的 ExpressionSet 的 featureData 中。否则，你可能需要单独下载GPL文件。希望这些方法能帮助你有效地查看从GEO数据库下载的数据。
来源：奕奕课堂
