摘要：蛋白需要互作发挥功能，设计互作蛋白可以帮助人们开发科研工具、诊断试剂和新型药物等，但是面临专业要求程度高，成功率低等问题[1]。

蛋白需要互作发挥功能，设计互作蛋白可以帮助人们开发科研工具、诊断试剂和新型药物等，但是面临专业要求程度高，成功率低等问题[1]。

为此，EPFL Bruno E. Correia、Martin Pacesa以及MIT Sergey Ovchinnikov等研究人员开发方法-BindCraft主要基于“逆向”的AlphaFold2 multimer[2]实现了低人工干预、高效率（12种蛋白平均46.3%（10%-100%）的成功率）的蛋白binders设计[1]。

BindCraft设计的蛋白大部分亲和性可达nM水平，它们可以中和毒素/过敏源、调节基因编辑复合物以及重靶向腺相关病毒（AAV）的目的细胞等[1]。

BindCraft概览[1]。

BindCraft设计的蛋白binders概览[1]。

BindCraft设计蛋白中和毒素(A)和过敏源(B)[1]。

BindCraft设计蛋白调节基因编辑复合物活性[1]。

BindCraft设计蛋白重靶向AAV的目的细胞[1]。

该项工作2025年8月27日在线发表Nature[1]。

作者们表示该工具主要还存在计算负担重、一定程度的假阳/阴性等问题，后续可以通过调整计算筛选/排序方法等进一步优化[1]。

Comment(s):

挺简练实用的工具；不过可能还存在无法很好地固定具体结合位点的问题。

另外，该项工作设计的PD-1 binder的功能还是需要在体的验证；估计还需要进一步基于结构生物学调整结合位点并增大binder才能有跟anti-PD-1药物可比的效果。

参考文献：

[1] M. Pacesa et al., “One-shotdesign of functional protein binders with BindCraft,” Nature, 2025, doi: 10.1038/s41586-025-09429-6.

[2] R. Evans et al., “Protein complex prediction with AlphaFold-Multimer,” bioRxiv. p. 2021.10.04.463034, Oct. 04, 2021. doi: 10.1101/2021.10.04.463034.

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来源：晓霞科技讲堂