摘要：编辑丨王多鱼排版丨水成文2025 年 4 月 8 日，中国农业大学、丹麦奥胡斯大学、美国加州大学戴维斯分校及中国农业科学院等多家研究单位合作的 ChickenGTEx 项目在 Nature 子刊 Nature Genetics 发表，论文题为：Genetic
编辑丨王多鱼排版丨水成文2025 年 4 月 8 日，中国农业大学、丹麦奥胡斯大学、美国加州大学戴维斯分校及中国农业科学院等多家研究单位合作的 ChickenGTEx 项目在 Nature 子刊 Nature Genetics 发表，论文题为：Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens。该研究通过整合来自 7015 个样本的 bulk RNA-seq，127598 个单细胞 RNA-seq 和 2869 个全基因组重测序数据，基于 28 个组织构建了鸡多组织遗传调控图谱，识别了数百万个影响转录和转录后过程的调控变异，强调了这些调控变异独特的分子机制以及对于复杂性状解析的重要作用，为鸡以及鸟类的基因功能和复杂性状的解析提供了非常宝贵的数据资源。
为了探讨鸡与哺乳动物之间基因表达和遗传调控的保守性，研究使用 FarmGTEx 和人类 GTEx 的数据进行了比较分析，揭示了不同物种在表达基因数量、整体基因表达模式和组织特异性方面的某种程度的保守性。然而，鸡和哺乳动物之间同源基因的顺式遗传力和 eQTL 效应的相关性明显低于哺乳动物物种之间的相关性。利用这些保守模式，进一步通过 TWAS 探索了跨物种复杂性状遗传学的相似性。许多相关性重现了已知的生物学关系，例如鸡的体重与猪的平均日增重显著相关。由于基因连锁关系和 LD 模式在不同物种之间往往存在差异，跨物种的 meta-TWAS 分析提供了一种有前景的策略，可以识别共享的因果基因和潜在的分子机制。例如，在肌肉中进行的双物种 meta-TWAS 分析识别了一些与生长相关的性状，例如猪的背膘厚度和人类的身高，这些分析有助于发现与鸡体重相关的额外基因。总的来说，ChickenGTEx 项目提供了一个全面的资源，涵盖了 28 种组织中五种转录标记的遗传调控效应。这一资源深入揭示了遗传变异在转录组中的调控模式及其对复杂表型的影响。ChickenGTEx 网站提供了免费访问所有数据的权限，并包括易于使用的可视化工具，方便用户检索结果（https://chicken.farmgtex.org/）。加州大学戴维斯分校管代禄博士后，丹麦奥胡斯大学博士生白仲豪，中国农业大学博士生朱晓宁、仲从豪、朱迪，中国农业科学院侯娅丽研究员为共同第一作者，丹麦奥胡斯大学房灵昭博士，加州大学戴维斯分校周怀军教授，中国农业大学杨宁教授、胡晓湘教授为论文共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金（31961133003和32272862），国家重点研发计划（2021YFD1300600和2022YFF1000204）等国内外多个项目的资助，中国农业大学模式动物表型与遗传研究国家重大科技基础设施的“羲和”高性能计算平台提供了运算支持。论文链接：https://www.nature.com/articles/s41588-025-02155-9原标题：《Nature Genetics：中国农大杨宁/胡晓湘团队等构建鸡的多组织基因表达遗传调控图谱》 来源：科学新密码
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