摘要：它就是低成本SCI写作思路的王者--基因家族分析，适合各种有参物种、各种研究方向，满配实验可以发到一区！

随着基因组成本的降低，每年新发基因组文章数目爆发式增长。

如何利用这些基因组资源，持续发文呢？

有这么一个方向，简直是这个问题的标准答案！

热度高，每年SCI量超2000篇

门槛低，物种有基因组就能做

投入小，生信分析+小实验

周期短，3-5个月从启动到投稿

它就是低成本SCI写作思路的王者--基因家族分析，适合各种有参物种、各种研究方向，满配实验可以发到一区！

1、单物种基因家族分析。多年发文量维持在高点，低成本SCI写作思路的王者，适合各种物种、各种研究方向，满配实验可以发到一区！

2、泛基因家族分析。基于泛基因组的基因家族分析，现在正是红利期，真正的0实验发二区！

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1. 《泛基因家族分析实操》，2025年4月7日-4月9日，3天；

2.《基因家族分析实操》，2025年4月14日-4月16日，3天。

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课程内容及优势

组学大讲堂是国内领先的生物信息培训机构，已培训学员近100000人，仅基因家族分析实操班已成功举办27期，经验丰富。本课程有如下优势：

优势1：内容全面：涵盖一区、二区文章常用分析条目，一课掌握核心技能

优势2：零基础友好：针对初学者设计，分析代码封装，数据整理完善，复制粘贴即可上手

优势3：环境一致：采用docker虚拟机教学（国内首创），无需安装配置，学习即实战

优势4：硬件要求低：云服务器教学，指令发送由服务器处理，个人电脑可正常办公

优势5：售后无忧：2年超长时间售后答疑，学习全程无忧

优势6：图表高颜值：紧跟文献最新趋势，使用最新R包绘图，生成高颜值、信息量丰富的图表，直接用于文章撰写

《泛基因家族分析实操》课程内容：

第一节：泛基因家族文献解读

1. 泛基因家族相关概念介绍

2. 泛基因家族文章思路解析

3. 泛基因家族分析结果解读

第二节：linux系统操作基础+docker工具介绍与使用

1. Linux系统简介

2. 目录结构与基础命令（cd, ls, mkdir, rm, chmod）

3. 文件操作与文本处理（grep, awk, sed, less, vim）

4. 掌握脚本(R/perl/python)，各种命令行工具使用以及任务管理

5. 认识docker，了解镜像、容器等概念

6. 熟悉docker镜像的使用及容器管理

7. 一键搭建分析环境

第三节：以最新文献分析模块为例，系统学习泛基因家族分析流程

1. 泛基因家族分析示例数据下载

2. 示例数据查看（常见生信数据格式介绍，包括fasta序列格式、gff文件格式、vcf文件格式等）

3. 数据预处理（提取基因最长转录本）

第四节：泛基因家族成员鉴定

1. hmmer结构域检索，鉴定泛基因家族成员（结构域文件的获取、下载、基因结构域鉴定）

2. 在数据库(SMART、CDD、Pfam)中进行结构域确认

3. 泛基因家族成员序列提取（CDS序列、蛋白质全长序列、结构域序列）

第五节：泛基因家族成员PAV分析

1. 泛基因列表构建（jcvi鉴定同源区段）

2. 泛基因家族成员存在缺失PAV分析，结果可视化（绘制存在缺失热图）

第六节：泛基因家族成员系统发育和选择压力分析

1. 泛基因家族成员系统发育树构建（iqtree，采用最大似然法，根据蛋白质全长序列或结构域序列构树）

2. 泛基因家族成员选择压力分析，结果可视化展示（绘制各基因Ka/Ks密度分布图、kaks>1的基因在不同基因组中频率分布的热图）

《基因家族分析实操》课程内容：

第一节：基因家族介绍

1. 基因家族的定义

2. 基因家族分析文献解读

3. 基因家族常规分析总结及高分文章思路

第二节：Linux入门学习与生信环境搭建

1. Linux系统简介（bash，内核，命令行界面等）

2. Linux基础命令学习（cd、ls、awk、grep等）

3. 了解Docker运行原理、学习镜像使用、容器管理相关命令

4. 利用Docker镜像搭建生信分析环境

第三节：基因家族成员鉴定

1. 以拟南芥物种为例，鉴定WRKY基因家族成员

2. 学习从数据库网站下载物种基因组，并进行数据处理（NCBI、Ensembl、JGI等）

3. 学习不同的鉴定方法（Hmmsearch、Blastp）

4. 对鉴定结果在在线数据库二次确认（pfam，CDD，SMART）

第四节：基因家族成员遗传进化分析及基因结构分析

1. 基于鉴定结果构建家族成员进化树（iqtree2、MEGA）

2. 使用iTOL对进化树进行高级美化（树枝颜色大小，文字大小颜色，分组标记等）

3. 使用生信软件绘制基因结构图、染色体定位图

4. 学习保守基序分析、顺式作用元件分析

第五节：物种内基因加倍与串联重复分析和物种间进化关系分析

1. 借助MCScanX鉴定物种内大片段复制基因对和串联重复基因对

2. 使用circos软件绘制出精美圈图

3. 进行基因选择压力KaKs分析，估算分化时间

4. 基因家族成员在不同物种之间进化关系分析（以拟南芥和白菜物种为例，鉴定物种间的共线性区块和WRKY基因对）

5. 对多个物种共线性分析发现保守基因

6. 多物种共线性分析结果绘图并美化排版

第六节：基因家族成员表达模式分析

1. 对转录组数据搜索筛选

2. 基因家族基因不同发育阶段不同部位表达热图展示

第七节：基因家族蛋白互作网络分析

1. STRING获取成员蛋白序列之间互作关系

2. Cytoscape绘制蛋白互作网络图

第八节：基因家族蛋白结构分析

1. 基于同源建模方法预测蛋白3D结构

2. 绘制蛋白结构域多序列比对图（保守结构域展示）

3. 预测蛋白序列的亚细胞定位

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常见问题解答

1. 集中3天培训是否可以学完这么多内容？

答：经过多年课程优化，尽量合并操作环节，分析代码已经封装好，整理好数据，复制粘贴即可分析自己的数据，大大降低了分析难度，3天完全可以学完以上分析内容。

2. 培训后提供回放吗？

答：培训结束，不是学习的结束，课后可以获得对应线上录播视频课程，两年内不限次观看。分析所用软件、代码、课件、笔记均会提供，另外赠送组学大讲堂云服务器3个月的使用权限，学员课后仍可方便的进行练习。

3. 培训的时候是在云服务器上，如果换了设备，分析步骤还一样吗？

答：组学大讲堂培训采用先进的docker虚拟机，无论在什么设备上，凡是使用我们提供的镜像，均可保持一致的操作环境，真正做到怎么学就怎么用。

4. 能否提供发票？

答：由北京组学生物科技有限公司提供正规发票。

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培训时间、地点及费用

《泛基因家族分析实操》举办时间：2025年4月7日-4月9日（3天）；

培训费用：原价3480元/人，限时优惠2980元/人。

《基因家族分析实操》举办时间：2025年4月14日-4月16日（3天）；

培训费用：原价2380元/人，限时优惠1880元/人。

举办地点：组学大讲堂网校

优惠信息：

① 团报优惠：2人及以上同时报名，额外优惠100元/人。

②赠送价值700元组学大讲堂云服务器3个月使用权；

③ 已购买过组学大讲堂对应录播课程的学员，可以按实际购买价折现予以优惠。

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报名方式

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【重磅升级】即日起，组学大讲堂推出全新升级版 1对1 VIP会员服务 ，专为追求高效学习的科研人量身打造！

✅全领域课程畅学：解锁基因组、转录调控、宏基因组等60+门录播与10多门直播课程（有效期内新上架课程也可学），覆盖生信全技术栈，从零基础到高阶分析一网打尽。可2人同学，带上学习搭子一起飞！

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组学大讲堂致力于基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等组学知识及生信技能的传播，让知识分享更顺畅！

测序、数据分析、课程培训等事宜请联系邮箱：Tech@biomics.com.cn

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来源：老李的科学课堂