摘要:我经常在做实验的间隙思考一些问题,比如各种类型的检测之间的联系和差异。有一天参考体系突然闯入脑子,我发现这个概念可以将各种类型的检测联系起来。于是就有了这篇文章。
作者:贠楚
我经常在做实验的间隙思考一些问题,比如各种类型的检测之间的联系和差异。有一天参考体系突然闯入脑子,我发现这个概念可以将各种类型的检测联系起来。于是就有了这篇文章。
在生物医学研究的实验室里,我们每天都在进行各种“测量”。从判断一份样本是否含有病毒,到精确计算某个基因的拷贝数,这些检测任务看似千差万别,但其核心逻辑都可以通过一个关键概念来理解——参考体系。
参考体系,即测量中所依据的基准、标准或尺度。它决定了检测结果的形态、精度和最终解读方式。本文我想从从参考体系的视角切入,层层剖析定性、半定量、相对定量与绝对定量这四类检测方法的根本区别,揭示其背后的科学逻辑与应用场景。
01. 定性检测:
参考体系是一道“是非线”
1. 核心问题与参考体系
定性检测的核心问题:“有,还是没有?”(是否存在?是否为阳性?)
参考体系: 一个预设的、二元化的阈值(Cut-off值)。这道“是非线”是判断的唯一标准,其本身不提供任何程度信息。
2. 工作原理
定性检测的本质是比较-判断。将样本产生的信号(如试纸条T线的颜色深度、PCR的Ct值)与预设的阈值进行比较:
信号 ≥ 阈值 → 阳性(有)
信号
3. 典型技术与案例
技术: 免疫层析试纸条(如早孕试纸、COVID-19抗原检测)、普通PCR扩增后电泳看有无条带。
案例: COVID-19抗原检测。试纸条上的C线是过程对照,T线本身就是那道物理世界的“是非线”。样本滴入后,只要T线显色达到或超过肉眼可辨的阈值,即判为阳性。它只告诉你“感染了”,但无法告知病毒载量高低。
4. 特点总结
其参考体系是一道静态的、用于二元判决的界限。它简单、快速、成本低,但信息量极少,无法满足深入分析的需求。
02. 半定量检测:
参考体系是一把“粗糙的刻度尺”
1. 核心问题与参考体系
核心问题: “多,还是少?”(强度如何?大致水平?)
参考体系: 一个不连续的、分级的强度标度(如:-、+、++、+++)。这把“尺子”只有粗略的刻度,只能进行等级判断,无法精确读数。
2. 工作原理
半定量检测在定性基础上前进了一步,在终点对信号强度进行大致评估。它通常没有严格的数学换算关系,依赖于对比和估算。
通过比较目标信号与内参信号的强度比例(如灰度值),大致估算目标物的丰度范围。
由于检测已进入平台期,信号与起始量之间不再是线性关系,因此估算极其粗略。
3. 典型技术与案例
技术: Western Blot(蛋白质免疫印迹)、普通PCR后电泳结合凝胶成像分析。
案例: Western Blot检测某蛋白表达。实验员会通过内参蛋白(如β-actin)来证明上样量一致,然后通过目标条带的深浅判断:“处理组的条带比对照组深很多(+++ vs +)”。但没人会声称“表达量是3倍”,因为条带亮度与蛋白浓度并非严格的线性关系。
4. 特点总结
其参考体系是一把粗略的、用于分级的标尺。它提供了比定性检测更多的信息,可用于快速筛选和趋势判断,但结果主观性强、精度低、无法进行严格的统计学比较。
03. 相对定量:
参考体系是一把“标准的比例尺”
1. 核心问题与参考体系
核心问题: “A相对于B,变化了多少倍?”
参考体系: 一个双重的、动态的校准系统。
内参基因/蛋白: 用于校正样本间的差异(如细胞数量、RNA质量、上样误差)。这是“内部标准”。
对照组/校准样本: 作为所有比较的生物学基线(如未处理的细胞、0时间点)。这是“外部基准”。
2. 工作原理
相对定量的精髓在于校准-换算。其过程是一个严谨的数学流程,以qPCR的△△Ct法为例:
样本内校准:△Ct = Ct(目标基因) - Ct(内参基因) → 消除样本间差异。
组间校准:△△Ct = △Ct(实验组) - △Ct(对照组平均) → 建立与基线的差异。
数学换算:Fold Change = 2^(-△△Ct) → 将对数级的Ct差转换为线性级的倍数变化。
3. 典型技术与案例
技术: 实时荧光定量PCR(qPCR)。
案例: 研究药物对某基因表达的影响。最终结果会报告:“经药物处理后,目标基因的表达量相对于对照组显著上调了4.5倍(p
4. 特点总结
其参考体系是一个复杂的、用于比例换算的系统。它输出的是连续的、精确的、可进行统计学检验的比值,完美回答了生物学中“变化多少”的核心问题,是功能学研究的主流方法。
04. 绝对定量:
参考体系是一台“精密的天平”
1. 核心问题与参考体系
核心问题: “绝对量是多少?”(浓度几何?拷贝数多少?)
参考体系: 一系列已知绝对量值的标准品所构建的标准曲线。这台“天平”必须经过已知重量的“砝码”校准,才能称出未知样本的重量。
2. 工作原理
绝对定量的核心是标准曲线拟合。
建立标准:将一系列浓度已知且梯次递增的标准品与样本同时检测,得到其信号值(如Ct值)。
绘制曲线:以标准品浓度的对数值为X轴,以其信号值(如Ct值)为Y轴,绘制标准曲线,得到拟合方程 Y = a*log(X) + b。
计算未知:将未知样本的信号值代入方程,反推出其绝对浓度。
3. 典型技术与案例
技术: 数字PCR(dPCR)、基于标准曲线的qPCR。
案例: AAV病毒载体滴度测定。实验中使用包含 10^2 - 10^8 copies/μL 的基因组标准品建立标准曲线。将未知样本的Ct值代入曲线,即可直接计算出其浓度。这个结果不依赖于任何对照组或内参,是一个有单位的、绝对的量值,所以说绝对定量的目标是赋值。
4. 特点总结
其参考体系是一条经过严格校准的、用于绝对赋值的曲线。它输出的是有单位的、绝对的物理量,是诊断、病毒载量监测、代谢物浓度测定等领域的金标准。
总结
这四种检测类型的参考体系,构成了一个从简单判断到精确测量的完整光谱。
对于实验设计者:应根据科学问题选择正确的方法。若需比较变化,相对定量是黄金标准;若需诊断临界值,则必须使用绝对定量。
对于数据解读者:应能洞察数据背后的参考体系。看到一个“4.5倍”的结果,应立刻想到其依赖于内参和对照组的选择;看到一个“10 ng/mL”的结果,则应关注其标准曲线的质量(R²值、效率)。
总之,参考体系是隐藏在检测数据背后的“哲学”。从一道简单的线,到一条复杂的曲线,参考体系的演变,体现了人类对生命现象从定性认识到精确测量的科学征程。选择正确的参考体系,就是选择了一把正确的尺子,才能丈量出真实的生物学世界。
- - 精彩视频推荐--
来源:云阳好先生做实事