在线绘制Nature Biomedical Engineering同款基因排序图

摘要：基因排序点图是基因表达分析的可视化利器。它按基因倍数变化从大到小排序，清晰呈现表达差异显著的基因。结合颜色编码 p 值，可直观判断基因表达变化的统计学意义，助力高效筛选关键基因。

导读：基因排序点图是基因表达分析的可视化利器。它按基因倍数变化从大到小排序，清晰呈现表达差异显著的基因。结合颜色编码 p 值，可直观判断基因表达变化的统计学意义，助力高效筛选关键基因。

《Nature Biomedical Engineering》文章“Potent prophylactic cancer vaccines harnessing surface antigens shared by tumour cells and induced pluripotent stem cells”Fig1B的基因排序图直观地展示了肿瘤相关蛋白在TM vs MM样品间的差异情况。

图中每个点代表一个肿瘤相关蛋白。点的X轴位置表示该蛋白按照log2FC从高到低的排序rank，即log2FC越大，其rank越小。点的Y轴对应log2FC值。点的大小与log2FC绝对值成正比，绝对值越大，点越大，说明该蛋白的表达变化程度越大。点的颜色表示p值，p值越小，颜色越深，表示该蛋白表达差异的统计学显著性越强。水平黑色实线表示log2FC=0，即无表达变化的基准线，水平虚线表示log2FC阈值，通常用于筛选具有生物学意义的差异表达蛋白。

该图后台R代码由DeepSeek编写，不得不感叹AI的能力。

1，打开作图URL

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

示例数据包括3列：

第1列是基因名（或者蛋白名等）

第2列是log2FC，或者有正有负的值，例如GSEA结果的NES

第3列是p值，或者FDR等统计值

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V粘贴数据到输入框中。

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择参数。

注：1，首行第2、3列的名字作为R的参数，分别代表Y轴的说明和colorbar的说明，不能带空格，特殊符号

2，第一列基因名不能有重复

4，选择参数

图片大小：设置了图片的宽度，图片的高度。

待标注基因名：需要在图中标注的基因的名字，一行一个基因名，来自输入数据的第一列。若输入框留空，则请选择topN，默认标注top5的基因，即上调top5，下调top5。若将topN设置为0，同时输入基因的框留空，则不标注基因。

字体大小：设置了轴说明文字的字体大小（指X轴的Rank和Y轴的log2FC文字字体大小），轴刻度字体大小（指X轴和Y轴的刻度数字字体大小），标注基因名字体大小（指标注的基因名字的字体大小），图例标题字体大小（指图例中标题pValue和log2FC文字的字体大小），图例文字字体大小（指colorbar的p值刻度，点大小标尺文字的字体大小）。

Log2FC阈值：指两条水平虚线对应的Y轴log2FC的值。

标注文字距离点的距离：指标注的基因名距离对应点的距离，值越大，则上方的基因名越靠右，下方的基因名越靠左。

Y轴范围：两者都留空则根据log2FC的数值范围自动设置，若两者都有数值，则根据数值设置。

P值颜色：点对应p值的颜色，共设置了9种离散型调色板

Colorbar颜色是否转化：默认显示p值，选择转化选项后，颜色对应的值会进行转化，若p值范围跨数量级较多，选择转换可以更好地展示非常小的p值

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示基因排序图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator或者inkscape软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，添加说明等操作，以满足个性化需求。