CJTER热点话题：转录组测序技术在组织工程研究中的应用

摘要：转录组测序（RNA-Seq）是通过各种测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等，目前已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

转录组测序（RNA-Seq）是通过各种测序平台快速全面地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录本及基因序列，可以用于研究基因表达量、基因功能、结构、可变剪接和新转录本预测等，目前已经被广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

传统的转录组分析是使用批量RNA测序技术(bulk RNA-seq)进行的，是对一个细胞群体的总RNA进行测序的方法，可以测量细胞群体中每个基因的平均表达水平，但却无法分析样本中的细胞异质性。
单细胞转录组测序（scRNA-seq）指在单个细胞水平上对mRNA进行扩增和测序的一项技术。原理是将分离的单个细胞中微量的mRNA通过扩增后再进行高通量测序，能够有效解决批量转录组测序技术掩盖的组织内部的转录组学异质性难题，有助于发现未被认知的微量细胞类型，并深入认知细胞生长过程中的表达调控机制。目前单细胞转录组测序已被广泛应用于肿瘤异质性、免疫微环境、生殖发育、神经生长、细胞分化等领域。本期选择国内学者2023-2024年发表的5篇关于转录组测序在组织工程中应用的文章，推荐给读者阅读。

1 单细胞转录组测序溃疡性结肠炎脾虚湿蕴证患者的免疫细胞分子特征
张诗静1，黄卓健1，陶屈源1，侯江涛2，彭彬3，罗泳欣1，李燕舞4，李辉标2，钟嘉敏1，陈新林1
1广州中医药大学基础医学院，广东省广州市 510006；2广州中医药大学第一附属医院，广东省广州市 510400；3广州中医药大学第一临床医学院，广东省广州市 510400；4广州中医药大学科技创新中心，脾胃研究所，广东省广州市 510400
基金资助：国家自然科学基金面上项目 (81774451)
引用本文：张诗静，黄卓健，陶屈源，侯江涛，彭彬，罗泳欣，李燕舞，李辉标，钟嘉敏，陈新林. 单细胞转录组测序溃疡性结肠炎脾虚湿蕴证患者的免疫细胞分子特征[J].中国组织工程研究，2023，27(33):5357-5362.

2 单细胞转录组测序技术与椎间盘退变的发病机制
程浩天，赵晓峰，陆向东，赵轶波，范志峰，齐德泰，王晓楠，周润田，靳鑫杰，赵斌.
山西医科大学第二临床医学院，山西省太原市 030001
基金资助：山西省科技成果转化引导专项项目 (201904D121008)
引用本文：程浩天，赵晓峰，陆向东，赵轶波，范志峰，齐德泰，王晓楠，周润田，靳鑫杰，赵斌.单细胞转录组测序技术与椎间盘退变的发病机制[J].中国组织工程研究，2024，28(1):93-99.

3 相关转录组分析鉴定色素沉着绒毛结节性滑膜炎的潜在生物标志物
刘源 1，梁学振 1，2，许波 1，2，刘金豹 1，2，李刚 1，2
1山东中医药大学，山东省济南市 250014；2 山东中医药大学附属医院，山东省济南市 250014
基金资助：国家自然科学基金面上项目 (81774333)；山东省中医经典方剂合作创新与开放项目 (2019KFY17)；山东省重点研发计划 (2016GSF202022)
引用本文：刘源，梁学振，许波，刘金豹，李刚.相关转录组分析鉴定色素沉着绒毛结节性滑膜炎的潜在生物标志物[J].中国组织工程研究，2023，27(14):2182-2193.

4 骨髓炎状态下成骨诱导的大鼠骨髓间充质干细胞转录组测序分析
文虹杰 1，陈仲 1，杨华刚 1，徐永清 2
1 云南大学附属医院骨科，云南省第二人民医院骨科，云南省昆明市 650021；2 中国人民解放军联勤保障部队第 920 医院骨科，云南省昆明市 650021
基金资助：云南省基础研究计划昆医联合专项－面上项目 (202201AY070001-274)；云南省教育厅科学研究基金项目 (2022J0016)；国家自然科学基金面上项目 (82072392)
引用本文：文虹杰，陈仲，杨华刚，徐永清.骨髓炎状态下成骨诱导的大鼠骨髓间充质干细胞转录组测序分析[J].中国组织工程研究，2023，27(15):2333-2338.

5 过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响
张丽 1，2，3，4，5，杨文君 1，2，3，4，5，桑晓红 1，2，3，4，5，韩媛媛 1，2，3，4，5，冒智捷 1，2，3，4，5，王顺 1，2，3，4，5，陆晨 1，2，3，4，5
1 新疆医科大学第一附属医院肾脏病中心，新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 830011；2 新疆肾脏替代治疗临床研究中心，新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 830011；3 国家肾脏疾病临床医学研究中心新疆分中心，新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 830011；4 新疆维吾尔自治区血液净化质量控制中心，新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 830011；5 新疆维吾尔自治区肾脏病研究所，新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 830011
基金资助：国家自然科学基金 (81960145)
引用本文：张丽，杨文君，桑晓红，韩媛媛，冒智捷，王顺，陆晨.过表达线粒体蛋白磷酸酶2C对人肾小管上皮细胞转录组的影响[J].中国组织工程研究，2024，28(1):68-73.