摘要：2024年12月10日，中国科学院大连化学物理研究所叶明亮研究员、中国科学院上海药物研究所罗成研究员在国际顶级期刊Nature Methods发表题为《A peptide-centric local stability assay enables proteo

2024年12月10日，中国科学院大连化学物理研究所叶明亮研究员、中国科学院上海药物研究所罗成研究员在国际顶级期刊Nature Methods发表题为《A peptide-centric local stability assay enables proteome-scale identification of the protein targets and binding regions of diverse ligands》的研究论文，博士生李柯佳为论文第一作者，叶明亮研究员、罗成研究员为论文共同通讯作者。

叶明亮，中国科学院大连化学物理研究所研究员，国家杰青，国家“万人计划”科技创新领军人才。2001年在中科院大连化学物理研究所获博士学位，导师：邹汉法研究员；2001-2004年先后在美国华盛顿大学（合作导师：Norman Dovichi教授）、美国系统生物研究所（合作导师：Ruedi Aebersold教授）接受博士后培训；2004年回国，现于中科院大连化物所工作。

叶明亮研究员主要从事生物分离分析的研究工作，发展了一系列蛋白质组学分析新技术新方法，特别是在蛋白质翻译后修饰、药物靶标鉴定方面建立了多项具有国际水平的分析新方法，在Nat. Methods、Nat. Chem. Biol.、PNAS、Nat.Commun.、Nat. Protoc.、Angew. Chem. Int. Ed、JACS、Chem. Sci.、Anal. Chem.等SCI期刊上发表论文200余篇。

罗成，中国科学院上海药物研究所研究员、课题组长，国家杰青。1994年本科毕业于福州大学；2001年在复旦大学获硕士学位；2004年获中国科学院上海药物研究所有机化学博士学位。曾在福州抗生素集团有限公司担任助理工程师；2004-2005年在中科院上海药物研究所任助理研究员；2005-2008年在宾夕法尼亚大学Wistar研究所从事博士后研究；2008年至今在中科院上海药物研究所工作。

罗成研究员的主要研究方向为药物设计和药物化学生物学。运用包括靶标发现、计算机辅助药物设计、分子动力学模拟、生物信息学等理论模拟方法为指导，结合包括生物化学、结构生物学和药物化学生物学等多学科交叉手段，开展包括表观遗传修饰酶和重要蛋白-蛋白相互作用的新靶标、新机制的创新药物及其作用机理研究。

研究结果在Nature、Cancer Cell、Nature Chem、Nature Comm、JACS、PNAS、Nucleic Acid Res和J Med Chem等国际著名杂志发表SCI论文>200篇，申请专利56项（美国专利1项、PCT 10项），获得授权专利5项（五项成果已经完成转化）。

作者通过使用有限的蛋白水解策略，使用大量胰蛋白酶直接从天然蛋白质生成肽，发现可以在整个蛋白质组范围内灵敏地检测到配体诱导的蛋白质局部稳定性变化。

这使研究人员能够开发出以肽为中心的局部稳定性测定，这是一种无需修饰的方法，可在全蛋白质组靶点识别和结合区域确定中实现前所未有的灵敏度。

作者通过研究不同生物背景下的相互作用，展示了以肽为中心的局部稳定性测定的广泛应用。

图1：PELSA的建立

图2：PELSA与现有无修饰方法的目标鉴定性能比较

综上，这篇论文介绍了一种名为肽中心局部稳定性测定（PELSA）的新方法，该方法通过使用大量胰蛋白酶直接从天然蛋白质生成肽，能够灵敏地检测配体诱导的蛋白质局部稳定性变化，实现在蛋白质组范围内对蛋白质靶标和结合区域的鉴定。

这种PELSA方法不仅能够识别蛋白质靶标，还能精确地确定配体的结合区域，这对于药物设计、蛋白质功能研究以及细胞内生物分子相互作用的探索具有重要意义。PELSA的应用范围广泛，包括药物靶标的筛选、蛋白质-配体相互作用的详细分析，以及在复杂生物背景下的蛋白质功能状态和蛋白质组形态的表征。

Li, K., Chen, S., Wang, K.et al. A peptide-centric local stability assay enables proteome-scale identification of the protein targets and binding regions of diverse ligands. Nat Methods (2024).https://doi.org/10.1038/s41592-024-02553-7

来源：华算科技