VASP教程 | VASP如何构建分子模型?

B站影视 电影资讯 2025-11-17 18:59 1

摘要:结构优化的核心目标是通过调整原子位置或晶格参数,使体系的总能量达到最小值。在VASP中,这一过程通常通过迭代算法实现,例如共轭梯度法(Conjugate Gradient)或准牛顿法(Quasi-Newton)。优化过程中,系统会根据当前的原子力和能量变化进行

VASP结构优化原理

结构优化的核心目标是通过调整原子位置或晶格参数,使体系的总能量达到最小值。在VASP中,这一过程通常通过迭代算法实现,例如共轭梯度法(Conjugate Gradient)或准牛顿法(Quasi-Newton)。优化过程中,系统会根据当前的原子力和能量变化进行调整,直到满足预设的收敛条件(如能量变化小于设定值)。

结构优化的理论基础是密度泛函理论(DFT),其核心是通过交换-相关泛函(如GGA或LSDA)来描述电子结构。在VASP中,常用的交换-相关泛函包括Perdew-Wang 1991(PW91)和PBE等。这些泛函通过近似描述电子之间的相互作用,从而计算体系的总能量和结构。

准备工作

VASP计算需要准备超算连接软件EASYCONNECT与SSH,建模软件VESTA,以及VASP的输入文件INCAR,KPOINTS,POTCAR

VESTA软件下载链接

EASYCONNCT软件下载链接

EasyConnect下载-EasyConnect最新版下载V7.6.7.0

Winscp软件下载链接

Downloading WinSCP-6.5.3-Setup.exe :: WinSCP

VASP输入参数

INCAR文件:

ISTART=0 #开始新的任务,随机产生初始波函数

ICHARG=2 #开始新的任务,从原子电荷密度产生体系初始电荷密度

PREC=M #计算精度,决定ENCUT

ISPIN=2 #打开自旋极化

ALGO=N #确定电子优化的算法

NELM=60 #电子波函数最多计算60步

EDIFF=1E-5 #相邻两步电子迭代的能量差收敛标准

ENCUT=400 #平面波截断能400 eV

IVDW=11 #考虑范德华力修正

IBRION=2 #共轭梯度算法,适用于结构优化

NSW=100 #离子弛豫的步数

ISIF=2 #固定晶格优化原子坐标

EDIFFG=-0.1 #离子弛豫的force的收敛标准

ISMEAR=0 #费米能级附近电子占据数为高斯分布,适合金属、半导体、绝缘体

SIGMA=0.1 #高斯分布展宽0.1 eV

KPOINTS文件:

Automatic generation #注释行

0 #自动产生K点网格

G #布里渊区K点网格以Gamma点为中心

1 1 1 #K点网格密度

0 0 0 #K点网格中心平移矢量

构建H2O分子模型

第一步,构建超胞模型并优化结构

用文本编辑器创建h2o.vasp文件,并写入晶格常数15

第二步,写入O和H原子个数1和2与坐标类型Cartesian

第三步,写入O和H原子坐标,键长1 A

第四步,用VESTA软件打开h2o.vasp文件确认结构

总结

今天华算科技朱老师给大家介绍水分子的模型构建,在之前的视频中我们有介绍氢气的模型构建,那么是类似的方法,晶胞还是沿用之前的立方晶胞,不变。这里的原子个数及坐标要做一个调整,水分子的话是一个氧,两个氢,那我们仍然把这个氧原子放在模型的正中央位置,那么氢它是一个V字型展开,中间的具体角度大概在 107 度左右。

对于我们自己建的模型不必要那么的准确,因为后续会优化,那么这里就大概构建一下,让这个氢原子沿 a 方向做一个展开,这个时候它的 c 坐标,我们把它做一个调整,因为它是这个样子的图形,所以两个 h 的 c 轴相对于 o 来说都是有所延长的。这个oh长度用1,那这个中间的夹角,如果你用 60 度的话,那就是 cos 60 度就0.5。因为 60 度,所以这个 h-o-h 键就是这个夹角就是 120 度,那我们稍微小一点,那么用0.6。然后 a 方向用 0.8 这样一个延展,第一个是正向,第二个是负向,这样做出来它键长不完全等于1,但是差不多。我们来看一下,得到这样一个图案。这样就把水分子的模型就给大家做好了。

来源:朱老师讲VASP

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