摘要：李颖, 卢家香, 何璐, 等 . 基于生物信息学的 2 型糖尿病患者内脏脂肪差异表达基因分析[J].中华健康管理学杂志, 2024, 18(12): 910-915. DOI: 10.3760/cma.j.cn115624-20240829-00693.
作者：
李颖 卢家香 何璐 谢小洁 林任 唐世琪 徐丽娟
单位：
武汉大学人民医院健康管理中心，武汉 430060
通信作者：
徐丽娟，Email：zoe0512@163.com
引用本文:
李颖, 卢家香, 何璐, 等 . 基于生物信息学的 2 型糖尿病患者内脏脂肪差异表达基因分析[J].中华健康管理学杂志, 2024, 18(12): 910-915. DOI: 10.3760/cma.j.cn115624-20240829-00693.
摘要
目的
运用生物信息学技术分析2型糖尿病（T2DM）患者内脏脂肪差异表达基因（DEGs）。
方法
从基因表达数据库（GEO）下载基因芯片数据GSE78721，包括19例T2DM患者及16例非糖尿病患者的内脏脂肪样本数据。对组织样本的转录组检测结果进行分析，并根据性别进行不同组样本的比较，使用仙桃学术数据库在线分析，采用R语言“limma”函数包来筛选DEGs，然后将DEGs可视化，进行基因本体功能注释（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析并可视化。基于蛋白质相互作用检索数据库（STRING）构建了DEGs的蛋白质相互作用网络（PPI）并用Cytoscape软件筛选出关键差异基因并可视化。
结果
对脂肪组织的基因表达谱进行差异分析，共筛选出168个DEGs（|log2FC|≥1，PCOL1A1、COL1A2、TGFB3、PCOLCE、TIMP1、COL6A2、COMP、COL14A1、VCAM1和THY1。结论
生物信息学技术能有效分析和筛选T2DM患者内脏脂肪组织的DEGs，为进一步探讨其分子机制及发现诊疗靶点提供有益线索。
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来源：渺运儿
