Python时间序列分析：使用TSFresh进行自动化特征提取

摘要：TSFresh（基于可扩展假设检验的时间序列特征提取）是一个专门用于时间序列数据特征自动提取的框架。该框架提取的特征可直接应用于分类、回归和异常检测等机器学习任务。TSFresh通过自动化特征工程流程，显著提升了时间序列分析的效率。

TSFresh（基于可扩展假设检验的时间序列特征提取）是一个专门用于时间序列数据特征自动提取的框架。该框架提取的特征可直接应用于分类、回归和异常检测等机器学习任务。TSFresh通过自动化特征工程流程，显著提升了时间序列分析的效率。

自动化特征提取过程涉及处理数百个统计特征，包括均值、方差、偏度和自相关性等，并通过统计检验方法筛选出具有显著性的特征，同时剔除冗余特征。该框架支持单变量和多变量时间序列数据处理。

TSFresh工作流程

TSFresh的基本工作流程包含以下步骤：首先将数据转换为特定格式，然后使用extract_features函数进行特征提取，最后可选择性地使用select_features函数进行特征选择。

TSFresh要求输入数据采用长格式（Long Format），每个时间序列必须包含唯一的id标识列。

构建示例：生成100个特征的100组时间序列观测数据

import pandas as pd
import numpy as np
from tsfresh import extract_features
from tsfresh import select_features
from tsfresh.utilities.dataframe_functions import impute
from tsfresh.feature_extraction import EfficientFCParameters
from tsfresh.feature_extraction.feature_calculators import mean
from sklearn.model_selection import train_test_split
from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier
from sklearn.metrics import accuracy_score, classification_report, confusion_matrix
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
# 构建大规模样本数据集
np.random.seed(42)
n_series = 100
n_timepoints = 100
time_series_list =
for i in range(n_series):
frequency = np.random.uniform(0.5, 2)
phase = np.random.uniform(0, 2*np.pi)
noise_level = np.random.uniform(0.05, 0.2)

values = np.sin(frequency * np.linspace(0, 10, n_timepoints) + phase) + np.random.normal(0, noise_level, n_timepoints)

df = pd.DataFrame({
'id': i,
'time': range(n_timepoints),
'value': values
})
time_series_list.append(df)
time_series = pd.concat(time_series_list, ignore_index=True)
print("Original time series data:")
print(time_series.head)
print(f"Number of time series: {n_series}")
print(f"Number of timepoints per series: {n_timepoints}")

接下来对生成的数据进行可视化分析：

# 选择性可视化时间序列数据
plt.figure(figsize=(12, 6))
for i in range(5): # 绘制前5条时间序列
plt.plot(time_series[time_series['id'] == i]['time'],
time_series[time_series['id'] == i]['value'],
label=f'Series {i}')
plt.title('Sample of Time Series')
plt.xlabel('Time')
plt.ylabel('Value')
plt.legend
plt.savefig("sample_TS.png")
plt.show

数据展现出预期的随机性特征，这与实际时间序列数据的特性相符。

特征提取过程

数据呈现出典型的时间序列特征，包含噪声和波动。下面使用tsfresh.extract_features函数执行特征提取操作。

# 执行特征提取
features = extract_features(time_series, column_id="id", column_sort="time", n_jobs=0)
print("\nExtracted features:")
print(features.head)
# 对缺失值进行插补处理
features_imputed = impute(features)

输出示例（部分特征）：

value__mean value__variance value__autocorrelation_lag_1
id
1 0.465421 0.024392 0.856201
2 0.462104 0.023145 0.845318

特征选择

为提高模型效率，需要对提取的特征进行筛选。使用select_features函数基于统计显著性进行特征选择。

# 构造目标变量（基于频率的二分类）
target = pd.Series(index=range(n_series), dtype=int)
target[features_imputed.index % 2 == 0] = 0 # 偶数索引分类
target[features_imputed.index % 2 == 1] = 1 # 奇数索引分类
# 执行特征选择
selected_features = select_features(features_imputed, target)
# 特征选择结果处理
if selected_features.empty:
print("\nNo features were selected. Using all features.")
selected_features = features_imputed
else:
print("\nSelected features:")
print(selected_features.head)
print(f"\nNumber of features: {selected_features.shape[1]}")
print("\nNames of features (first 10):")
print(selected_features.columns.tolist[:10])

此过程可有效筛选出与目标变量具有显著相关性的特征。

特征应用于监督学习

特征工程的主要目的是为机器学习模型提供有效的输入变量。TSFresh可与scikit-learn等主流机器学习库无缝集成。

以下展示了特征在分类任务中的应用实例：

# 分类模型构建
# 数据集划分
X_train_clf, X_test_clf, y_train_clf, y_test_clf = train_test_split(
selected_features, target, test_size=0.2, random_state=42
)
# 随机森林分类器训练
clf = RandomForestClassifier(random_state=42)
clf.fit(X_train_clf, y_train_clf)
# 模型评估
y_pred_clf = clf.predict(X_test_clf)
print("\nClassification Model Performance:")
print(f"Accuracy: {accuracy_score(y_test_clf, y_pred_clf):.2f}")
print("\nClassification Report:")
print(classification_report(y_test_clf, y_pred_clf))
# 混淆矩阵可视化
cm = confusion_matrix(y_test_clf, y_pred_clf)
plt.figure(figsize=(8, 6))
sns.heatmap(cm, annot=True, fmt='d', cmap='Blues')
plt.title('Confusion Matrix')
plt.xlabel('Predicted')
plt.ylabel('Actual')
plt.savefig("confusion_matrix.png")
plt.show

# 特征重要性分析
feature_importance = pd.DataFrame({
'feature': X_train_clf.columns,
'importance': clf.feature_importances_
}).sort_values('importance', ascending=False)
print("\nTop 10 Most Important Features:")
print(feature_importance.head(10))
# 特征重要性可视化
plt.figure(figsize=(12, 6))
sns.barplot(x='importance', y='feature', data=feature_importance.head(20))
plt.title('Top 20 Most Important Features')
plt.xlabel('Importance')
plt.ylabel('Feature')
plt.savefig("feature_importance.png")
plt.show

多变量时间序列处理

TSFresh支持对数据集中的多个变量同时进行特征提取。

# 多变量特征提取示例
# 添加新的时间序列变量
time_series["value2"] = time_series["value"] * 0.5 + np.random.normal(0, 0.05, len(time_series))
# 对多个变量进行特征提取
features_multivariate = extract_features(
time_series,
column_id="id",
column_sort="time",
default_fc_parameters=EfficientFCParameters,
n_jobs=0
)
print("\nMultivariate features:")
print(features_multivariate.head)

自定义特征提取方法

TSFresh框架允许通过tsfresh.feature_extraction.feature_calculators模块定制特征提取函数。

# 多变量特征提取实现
# 构造附加时间序列变量
time_series["value2"] = time_series["value"] * 0.5 + np.random.normal(0, 0.05, len(time_series))
# 执行多变量特征提取
features_multivariate = extract_features(
time_series,
column_id="id",
column_sort="time",
default_fc_parameters=EfficientFCParameters,
n_jobs=0
)
print("\nMultivariate features:")
print(features_multivariate.head)

以下展示了使用matplotlib进行数据分布可视化：

# 计算时间序列均值特征
custom_features = time_series.groupby("id")["value"].apply(mean)
print("\nCustom features (mean of each time series, first 5):")
print(custom_features.head)
# 特征分布可视化
plt.figure(figsize=(10, 6))
sns.histplot(custom_features, kde=True)
plt.title('Distribution of Mean Values for Each Time Series')
plt.xlabel('Mean Value')
plt.ylabel('Count')
plt.savefig("dist_of_means_TS.png")
plt.show

# 特征与目标变量关系可视化
plt.figure(figsize=(10, 6))
sns.scatterplot(x=custom_features, y=target)
plt.title('Relationship between Mean Values and Target')
plt.xlabel('Mean Value')
plt.ylabel('Target')
plt.savefig("means_v_target_TS.png")
plt.show