摘要:当今药物研发领域广泛使用光活化亲和探针(PAPs)作为重要工具,以揭示药物与目标蛋白结合的机制,发现新的药物作用靶点。其中,双吖丙啶(diazirine)类光活化试剂是应用最广泛的一类。
当今药物研发领域广泛使用光活化亲和探针(PAPs)作为重要工具,以揭示药物与目标蛋白结合的机制,发现新的药物作用靶点。其中,双吖丙啶(diazirine)类光活化试剂是应用最广泛的一类。
简介
双吖丙啶,一种具有三元环结构且含有两个氮原子的有机化合物,最初被用于碳烯前体的光谱研究。随后,它被广泛应用于光亲和探针(PAPs)领域。在紫外线照射下,双吖丙啶能够生成高活性的碳烯,并与周围分子形成共价键。这独特的机制使其能够高度选择性地标记靶点蛋白,并描绘蛋白-配体结合位点图谱。
目前,双吖丙啶类光活化试剂主要分为两大类:
1. 脂肪族双吖丙啶
2. 三氟甲基苯基双吖丙啶(TPDs)
相对于其他PAPs如苯二酮和芳香叠氮化物,双吖丙啶具有光损伤小、选择性高的优势,因此备受药物化学领域的喜爱。
● 早期的脂肪族重氮烷烃因存在1,2-氢重排反应而受到限制,从而影响了且应用的发展。
● 在1973年,Knowles团队研究发现3-苯基双吖丙啶的分子内重排趋势减弱,可以优化其光解性能。然而,其光解主要产生为重氮物,于与亲核物反应前从活性位点扩散,实现非特异性标记。
● 1980年,Brunner等人将三氟甲基苯基二氮杂环丁烷(TPD)替代为更适合的原料。由于TPD中三氟甲基的退电子特性,降低了扩散反应的发生。尽管碳烯自旋态的反应性和各种取代基的影响尚且不明,不过重氮交联特性依然不可置否。
● 脂肪族和三氟甲基苯基双吖丙啶越来越受到科研人员的欢迎,也拓展了其广泛的应用领域。
应用
在药物研发中,确定合适的靶点一直是一个具有挑战性和痛点的任务。然而,双吖丙啶类光亲和探针为我们提供了一条明确的道路。这种探针已经成功应用于配体靶标的识别、结合位点图的绘制、研究蛋白质之间的相互作用,以及进行活细胞成像。令人兴奋的是,一些双吖丙啶氨基酸甚至可以被细胞合成系统识别,嵌入到蛋白质中,从而实现对靶点的共价标记。
1. 识别配体靶标:
利用与特定配体的结合来识别目标蛋白,有助于确定分子的功能目标和发现潜在的药物作用靶点。同时,具有叠氮基团的氨基酸能够被本地细胞转录机制所识别。
2. 绘制结合位点图:
研究人员可以通过标记蛋白质结构上的结合位点,绘制配体与蛋白质相互作用的位点图,进一步深化对底物结合和催化机制的理解。
3. 研究蛋白质相互作用:
在蛋白质之间的相互作用研究中,双吖丙啶常作为探针使用,包括蛋白质与蛋白质的相互作用、酶与底物的结合等,表明生物体内复杂的生物分子网络。
4. 活细胞成像:
以标记靶向物质或靶标蛋白的途径,应用于活细胞成像,达到对细胞内生物分子的可视化观察,协助研究人员深入探讨细胞功能、疾病进程等方面的问题。
合成
尽管双吖丙啶因其优越性而备受药物化学家推崇,但其合成过程并不没想象中的容易。例如TPDs,其合成需要至少4步反应,导致总产率较低。相较之下,脂肪族双吖丙啶的合成则简单得多,酮在液氨中的发生氨解反应后,再通过环化等一锅法即可完成。通过Wang课题组对反应条件的优化,总产率已提高至81%,为双吖丙啶的拓展应用提供了更高的可行性。以下是TPDs和脂肪族双吖丙啶的合成路线设计。
双吖丙啶的光活化
用于合成脂肪族双吖丙啶的典型路线
TPD合成路线
3,3-偶氮-1-丁醇用于合成获得专利的磷脂光亲和探针
脂肪族双吖丙啶的典型官能团相互转化
炔基双吖丙啶探针和石杉酮合成实例
、
环丙烯光链接物的合成及其在活细胞成像中的应用
获取光亮氨酸的四种常见合成路线
三氟甲基脂肪族双吖丙啶化合物的合成
Boc-和 Fmoc-保护的 L-光脯氨酸的合成
TPD醛类的反应
TPD苯胺的反应
酸性条件下的 TPD 反应
TPD与正丁基锂的反应
碱性条件下的TPD反应
TPD的金属催化偶联反应
小结
早前合成双吖丙啶光活化交联剂的方法产量通常较为有限,面临一系列挑战。然而,近年新颖合成方法的出现极大地提升了产量,并大幅减少了所需合成步骤,为该领域带来革命性的变化。这些新方法无疑将在未来得到广泛应用。当前已成功合成众多含有双吖丙啶的氨基酸,包括蛋白源和非蛋白源的。其中,光亮氨酸和光蛋氨酸等的合成方法经过不断优化后,合成路线变得更为简短,产量也显著提高。然而,至于高产率双吖丙啶的合成,仍存在改进的可能性,需要采取新型的开发方法。因此,设计更为高效的合成策略将成为一个备受瞩目的发展方向。
双吖丙啶光亲和探针目前涉及到应用已十分令人振奋,证明这些分子的化学性质已得到合理开发。为了充分发挥这项技术的高效潜能,科学家们将不遗余力持续推动合成方法的拓展,同时缩短合成过程,助力创造化学及药物研发领域的新奇迹。
参考文献
James R. Hill† and Avril A. B. Robertson. Fishing for Drug Targets: A Focus on Diazirine Photoaffinity Probe Synthesis. J. Med. Chem. 2018, 61, 6945−6963. https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.7b01561
来源:科学小凯