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Nature Methods | 告别“猜谜”式研究：CellNEST为细胞通讯分析带来前所未有的精准度与深度

在我们的身体内，一座由亿万细胞构成的生命之城正悄然运转。细胞之间通过一套精密的“秘密电报”系统，即细胞间通讯（Cell-Cell Communication, CCC），来协调行动，共同维系着我们的健康。然而，一旦这套通讯系统出现故障，比如信息错乱或出现恶意信

DNA是生命的蓝图，承载着所有遗传信息。但真正让生命“活”起来、执行指令的，是DNA转录出来的RNA。然而，这些RNA分子并非一劳永逸，它们从诞生到消亡，会在细胞内上演一场场精密的“分子舞步”：剪接 (splicing) 决定基因的最终面貌，翻译 (trans

我们体内那些微小的细胞、复杂的组织，乃至宏大的器官，究竟是以怎样精妙的结构在运作？现代生物医学研究，正以前所未有的速度迈入三维（3D）成像时代，试图揭开生命更深层次的奥秘。然而，这场探索并非坦途。

我们体内数万亿个细胞，它们如何各司其职，从最初的单一受精卵分化出肌肉、神经、免疫等千差万别的细胞类型？又或者，当疾病来袭，细胞内部的“指令”为何会出错？这一切的奥秘，都隐藏在一个极度复杂而精密的“指挥中心”——基因调控网络 (gene regulatory n

为解决 3D 基因组染色质拓扑结构调控因子研究受限，缺乏高效筛选技术的问题，研究人员开展了名为 Perturb-tracing 的技术研究。他们发现众多新调控因子，研究成果发表在《Nature Methods》上明确其多尺度作用及与已知机制关联，还揭示染色质压

我们的大脑，这个宇宙中最复杂的结构，其奥秘隐藏在数十亿神经元（neurons）之间，它们以毫秒级的高速电信号（Action Potentials, APs）进行着无休止的“对话”，构建出我们感知、思考和记忆的宏伟图景。长期以来，研究人员梦寐以求的，就是能“看清

你是否曾惊叹于荧光显微镜下那些被点亮的生命图景？通过各种荧光染料或蛋白，我们得以窥见细胞的结构、蛋白的位置，仿佛给生命穿上了五彩的外衣。荧光显微镜无疑是现代生命科学的基石。

能否拥有一个微缩版的器官，让细胞在其中像真实组织一样相互交流、构建复杂的三维结构，并让我们随时“深入”其中，以极高的精度观察和量化每一个细胞的形态、位置，甚至它们组成的“社区”结构？这就是类器官（Organoids）的魅力所在——它们是体外培养的3D细胞团，能

每个微小的细胞核里，都精巧地收纳着超过两米长的DNA螺旋。这惊人的“压缩艺术”并非随意的缠绕，而是高度精密的三维（3D）折叠，塑造了染色质（chromatin）的复杂结构。过去十年，借助染色体构象捕获技术（chromosome-conformation-cap

2025年5月5日，北京大学生命科学学院伊成器教授与中科院遗传与发育生物学研究所王秀杰研究员合作，在《Nature Methods》期刊上发表了题为“Mild and ultrafast GLORI enables absolute quantificatio

随着技术的不断进步，我们对生物体内各类分子的认识逐渐加深。然而，这些分子如何在时间和空间中协同作用以维持生命的基本功能，仍然是科学界未解的重要谜题。传统的组学技术在解析生物分子的动态过程时常常受限于整体性和时间维度的缺乏。纳米孔技术的出现为单分子时间组学研究提