摘要：一项近日发表在Cell的文章就报道了一种新方法-Perturb-FISH，基于成像的策略实现了单细胞空间转录组（MERFISH[2]）和CRISPR guide RNA（T7启动子驱动的gRNA扩增[3]）的同时解析[1]。

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00197-7

结合空间转录组的CRISPR筛选不仅能够分析细胞内转录程序，还有望帮助人们解析临近细胞以及环境对转录程序和功能的影响[1]。

一项近日发表在Cell的文章就报道了一种新方法-Perturb-FISH，基于成像的策略实现了单细胞空间转录组（MERFISH[2]）和CRISPR guide RNA（T7启动子驱动的gRNA扩增[3]）的同时解析[1]。

研究人员首先验证了该Perturb-FISH方法的重复性以及与Perturb-seq[4]的可比性（细胞内转录程序分析）；然后在巨噬细胞活化以及小鼠异种肿瘤移植模型等体系分析了细胞间转录程序的互作，以及自闭症谱系障碍(ASD)风险基因操纵对星形胶质细胞转录组与功能状态（追踪刺激下的钙信号模式）的影响[1]。

该项工作的通讯作者是Broad Institute of MIT and Harvard的Samouil L. Farhi和来自Boston University的Brian Cleary等研究人员；2025年3月12日发表在Cell[1]。

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时刻考虑“易于扩展”的工作。

将来还可以操纵免疫细胞来分析另一个方向的免疫细胞-肿瘤互作；以及在发育等系统分析细胞间互作与功能影响。

后续还需要结合光、小分子控制的诱导表达来实现进一步的CRISPR筛选时空控制。

参考文献：

[1] L. Binan et al., “Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits,” Cell, Mar. 2025, doi: 10.1016/j.cell.2025.02.012.

[2] K. H. Chen, A. N. Boettiger, J. R. Moffitt, S. Wang, and X. Zhuang, “Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells,” Science (80-. )., vol. 348, no. 6233, p. aaa6090, Apr. 2015, doi: 10.1126/science.aaa6090.

[3] A. Askary et al., “In situ readout of DNA barcodes and single base edits facilitated by in vitro transcription,” Nat. Biotechnol., vol. 38, no. 1, pp. 66–75, 2020, doi: 10.1038/s41587-019-0299-4.

[4] A. Dixit et al., “Perturb-seq: Dissecting molecular circuits with scalable single cell RNA profiling of pooled genetic screens,” Cell, vol. 167, no. 7, p. 1853, Dec. 2016, doi: 10.1016/J.CELL.2016.11.038.

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来源：科学培训