摘要：之前我们讲解了如何使用Dockey进行分子对接及其Pymol的下载安装，不会的直接看这篇推文——Dockey 进行化合物及蛋白之间的亲和力计算和Pymol教育免费版本的下载安装。

之前我们讲解了如何使用Dockey进行分子对接及其Pymol的下载安装，不会的直接看这篇推文——Dockey 进行化合物及蛋白之间的亲和力计算和Pymol教育免费版本的下载安装。

今天我们来介绍一下如何对对接完成的配体受体复合物进行可视化。

1.在我们完成分子对接之后，Dockey是这样的界面

2.直接右击保存配体-受体复合物

3.将pdb文件拖拽到Pymol

4.打开就是这个样子

1.选中化合物分子，点击（sele）中的C

2.设置化合物的颜色

3.选中化合物分子，点击（sele）中的A-find-polar contacts-to others excluding solvent，这样化合物与蛋白之间的氢键就显示出来了

4.点击化合物分子，点击（sele）中的A-extract object，将化合物分子与蛋白分离

5.点击配体-蛋白复合物中的C，by element-选个蛋白的颜色

6.设置图片分辨率，在命令框中输入ray 2000

7.点击菜单栏中的File-Export Image As-PNG

8.选择Save PNG image as

9.命名图片即可

10.同时保存一个pymol文件，方便后续修改

1.点击配体-蛋白复合物中的S下面的Surface，即可显示蛋白的整体结构

2.对透明度进行修改，菜单栏-Setting-Transparency-Surface

3.然后把整体位置调节一下，直接导出图片和保存文件

1.选中配体-蛋白复合物中的S，点击sticks，意思就是显示蛋白的键

2.选中与氢键链接的蛋白上的键，连续选择按住Shift

3.选择配体-蛋白复合物中的H，下面的sticks，意思就是取消蛋白上的化学键

4.选择（sele）中的S，下面的sticks，意思就是显示选中的sticks

5.继续选择（sele）中的L中的residues，意思就是显示这些残基的名称

6.选择右下角的选项，改为编辑，这样就按住Ctrl+鼠标，就可以移动残基名称的位置了。完成后，选择3-Button Viewing。

7.点击菜单栏中的Wizard-Measurement，选中残基连接的一端+Shift+点击另一端，这样就测出来氢键之间的距离。完成之后点击Done即可

8.菜单栏-Setting-Label，进行字体格式、大小、颜色的设置

9.点击菜单栏-Setting-Transparency-Cartoon，设置蛋白的透明度，凸显化合物及其蛋白残基的连接

10.最终导出图片及其pymol文件即可

1.打开PPT，将图片放进去进行整合

2.加一些虚线框，最终成图

3.赶紧来学习一下吧！

来源：Paper绘图