摘要：大家好，欢迎观看《时空日报》第382期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
大家好，欢迎观看《时空日报》第382期。本期介绍的时空/细胞组学相关研究文章共计2篇。以下是应用时空云平台STOmics Cloud的Genpilot模块生成的文章概要，并辅以人工审核，供了解参考。
1、inDrops-2：一种灵活、多功能且成本效益高的液滴微流控方法，用于新鲜和保存的临床样本的高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）
inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples
Nucleic Acids Res; IF:16.600; DOI: 10.1093/nar/gkae1312
内容概要：
① 在科研领域，单细胞分析技术的持续进步为研究者们提供了前所未有的机遇，使他们能够在单个细胞层面上深入探索各种生物学奥秘。其中，基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，凭借其高通量能力和较小的反应体积，赢得了众多研究者的青睐。然而，尽管商业系统在推动这项技术普及方面发挥了重要作用，但它们相对较高的成本却在一定程度上限制了大规模细胞和样本分析的可能性。因此，研发一种既高效又经济的scRNA-seq技术显得尤为重要。
② 为了满足这一迫切需求，研究者们推出了inDrops-2，这是一种开源的scRNA-seq技术。这种技术不仅适用于活细胞的分析，还能对保存细胞进行有效的测序。为了充分展示inDrops-2的灵活性，研究者们实施了两种基于条形码互补DNA的scRNA-seq协议，即指数扩增和线性扩增协议，并对这两种方法的优缺点进行了深入探讨。这些努力不仅证明了inDrops-2的广泛适用性，还为其在实际研究中的应用提供了宝贵参考。
③ inDrops-2在多个方面的卓越表现，使其在众多基于液滴的scRNA-seq方法中脱颖而出。该技术不仅能够同时分析多个经过细胞保存、长期储存以及多重处理的人肺癌样本，还能以可扩展、灵敏且经济高效的方式获取肿瘤微环境的多区域细胞特征。这使得inDrops-2成为研究稀有细胞分子特征的理想选择，尤其适合用于大规模研究。未来，随着技术的不断进步，inDrops-2有望在更多领域发挥重要作用，为生物学和医学研究开辟新的道路。
单细胞技术：液滴scRNA-seq,多样化工作流程, inDrops-2, 开源技术, 灵敏度, 成本效益, 条形码互补DNA,人肺癌样本, 肿瘤微环境, 可扩展性; Juzenas S, Goda K, Kiseliovas V, et al.; Institute of Biotechnology, Life Sciences Center, Vilnius University, Vilnius, 10257, Lithuania.
2、基于拟南芥时间序列转录图谱揭示的ABA胁迫下细胞类型特异性miRNA调控网络响应
Cell-Type Specific miRNA Regulatory Network Responses to ABA Stress Revealed by Time Series Transcriptional Atlases in Arabidopsis
Advanced science; IF:14.300; DOI: 10.1002/advs.202415083
内容概要：
① 在植物生物学的研究中，微小RNA（miRNA）与转录因子（TF）共同构建起复杂的基因调控网络，以应对各种生物和非生物胁迫。然而，过去的研究大多集中在整株植物或组织层面，对于miRNA在细胞层面的作用了解相对较少。为了更深入地探索miRNA的细胞特异性功能，研究者们对拟南芥进行了ABA诱导的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。这一研究覆盖了早期、中期和晚期等不同时间点，旨在揭示miRNA在ABA处理下的快速、动态和细胞类型特异性的响应。
② 通过单细胞水平的初级miRNA（pri-miRNA）图谱，研究者们发现，在ABA处理下，miRNA的响应速度非常快，甚至早于靶基因的表达动态。这些快速响应的miRNA展现出高度的细胞类型特异性，特别是在叶肉细胞和维管细胞中。此外，研究者们还通过识别调控网络中的含miRNA的前馈环（M-FFL），确定了miRNA-TF-mRNA调控模块。值得注意的是，含有M-FFL的调控网络比不含M-FFL的调控网络具有更高的共表达和聚类系数（CC）值，这进一步证明了miRNA在调控网络中的核心作用。
③ 进一步的分析揭示了这些核心miRNA在细胞类型特异性的M-FFL中的关键调控作用。特别是在维管细胞中，MiR858a-FBH3-MYB模块通过M-FFL特异性地抑制了与植物次生壁形成和木质素产生相关的MYB63和MYB20的表达。这一发现不仅深化了我们对miRNA在植物发育和胁迫响应中的动态和细胞类型特异性作用的理解，也为未来的研究提供了新的视角和思路。
其他研究：M-FFL，细胞类型特异性，串扰，动态，miRNA，网络，快速，scRNA-seq；Gao Z, Su Y, Jiao G, et al. ; School of Advanced Agriculture Sciences and School of Life Sciences, State Key Laboratory of Protein and Plant Gene Research, Peking University, Beijing, 100871, China.
来源：阿乐科学万花筒