NAR︱PMADS数据库：蛋白质翻译后修饰与药物敏感性的系统关联资源

摘要：蛋白质翻译后修饰（ Post-translational modifications,PTMs）是调控蛋白稳定性、定位及功能的关键机制，不同的 PTM 模式可深刻影响细胞对药物的敏感性与耐药性。然而，尽管相关研究快速增长，目前尚缺乏一个系统整合 “PT

蛋白质翻译后修饰（ Post-translational modifications,PTMs）是调控蛋白稳定性、定位及功能的关键机制，不同的 PTM 模式可深刻影响细胞对药物的敏感性与耐药性。然而，尽管相关研究快速增长，目前尚缺乏一个系统整合 “PTM– 药物 – 疾病 ” 三者关系的公共数据库，这在一定程度上限制了 PTM 在精准医学和药物研发中的应用。

近日，同济大学王海芸研究团队在 Nucleic Acids Research 发表题为

PMADS: an integrated database of curated and proteomics-inferred associations between protein post-translational modifications and drug sensitivity的研究论文，推出了首个系统整合蛋白质翻译后修饰与药物敏感性关联的综合数据库——PMADS（ Protein Modification and Drug Sensitivity Database ）。

数据库地址： https://pmads-db.org

研究团队基于自然语言处理技术与蛋白质组学分析流程，从超过 200 万篇文献与 50 个蛋白质组数据集中，经过严格过滤与人工校验，构建了 PMADS 数据库。

PMADS 具有多项亮点。首先，数据库实现了双源整合：共收录 4700 余条经人工校验的高置信度 PTM– 药物 – 疾病关联，以及 4.38 万条基于大规模蛋白质组学分析的推断关联。其次， PMADS 覆盖广泛，包含 19 种 PTM 类型、 6000 余个蛋白、 1000 余种药物和 300 种疾病类别。每条记录均以三元结构化的形式展示 PTM 类型、位点、药物、疾病背景及调控方向（增强、抑制或相关），并提供多维注释，可交叉链接至 PDB 、 PhosphoSitePlus 、 DrugBank 等 20 余个外部数据库。数据库同时设计了交互式可视化模块，通过 “Ternary Diagram （三元图） ” 直观展示 PTM– 药物 – 疾病之间的调控关系。此外， PMADS 提供灵活的检索与浏览功能，支持多条件组合查询与结构可视化。研究团队以 ERK1 磷酸化（ Thr202 ）与 CUDC-907 药物敏感性为示例，展示了 PMADS 在解析 PTM 介导的药物反应机制及发现潜在耐药标志物方面的应用潜力。

PMADS的建立初步填补了翻译后修饰与药物反应研究之间的整合空白，为探索PTM介导的药物作用机制和发现潜在耐药标志物提供了参考资源。需要指出的是，当前版本仍受限于数据覆盖和因果验证的深度。未来，研究团队将持续完善数据库内容，并尝试引入大语言模型（ LLM ）与多组学分析，以提升数据挖掘的广度和智能化水平。

同济大学生命科学与技术学院博士研究生郑杰为本文第一作者，王海芸教授为通讯作者。

制版人：十一

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（*排名不分先后）