摘要:最近有很多粉丝问题到如何下载UKB-PPP pQTL数据、如何分析?现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:http://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622
最近有很多粉丝问题到如何下载UKB-PPP pQTL数据、如何分析?现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:http://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119
需要用邮箱注册一个账号,然后登录进去,点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方:
自己可以下载自己需要的pqtl数据,也可以全部下载来,不过全部下载下来是比较困难的,因为这里有2940个文件,搞下来就高达2T数据,没有稳定的、高速的网络根本行不通。
UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。
既然下载好的数据是分开的,又没有SNP ID,想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换,这个就麻烦了,因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存,普通电脑根本无从下手。
最好的就是有专业人士用大型服务器下载和处理好
本文只分享下载地址和数据处理思路,剩下的细节问题需要自己进行摸索!
来源:小林看科技
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